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蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。

蘑菇渣可以当成肥料使用，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。

蘑菇渣发酵方法：

（1）发酵：将蘑菇渣粉碎过后，再将菌液兑水稀释，然后和物料混合均匀堆放发酵即可（可以适当添加尿素，来进行软化）。具体使用比例为微生物菌液：蘑菇渣=1：200。发酵物料的过程中注意搅拌均匀，并每隔一段时间翻动一次。

（2）水分：物料中的含水量控制在50%左右为宜。

（3）温度：发酵时的温度在15℃以上为宜。

（4）时间：一般发酵一周左右即可，如果是冬天，可以适当延长发酵时间。

蘑菇渣，一般由棉籽壳、木屑、米糠等组成，处理不当，不仅造成资源浪费，且会给环境带来极大的危害、病虫害的蔓延。通过技术人员对食用菌废料生产菇渣栽培基质进行了大量的研究，发现蘑菇渣其实是种植的好帮手。里边含有大量的有机物、矿物质、粗蛋白、粗纤维等都是作物生长所必须的营养物质，如何把这些菌渣利用起来做出高质量的肥料就显得比较重要，但是菌渣直接上地的话会二次发酵导致烧根烧苗的危害，而把菌渣发酵成有机肥不但解决了这一问题还大大提高了菌渣的肥效及利用率。

利用蘑菇渣为原料的育苗基质,加入不同体积配比的蛭石、珍珠岩进行了番茄穴盘育苗试验,筛选出可以作为草炭复合基质替代品的蘑菇渣复合基质。

试验结果表明:蘑菇渣中速校磷、速校钾含量显著高于草炭,在相同的苗期管理情况下,T1(蘑菇渣:蛭石:珍珠岩为1:1:1)、T6(蘑菇渣:蛭石:珍珠岩为2:1:2)复合基质幼苗株高、茎粗、地上部干重、地下部干重、全株干重、壮苗指数均显著大于CK(草炭:蛭石为2:1).因此,在番茄穴盘育苗中可使用蘑菇渣复合基质代替草炭.